Apesar de não ser o primeiro filósofo muçulmano a escrever sobre filosofia islâmica, Alfarabi desenvolve uma síntese filosófica que ultrapassa a obra dos seus predecessores. Esse sistema é apresentado eminentemente em Os princípios das ideias dos habitantes da cidade virtuosa, uma obra que abrange os domínios da astronomia, da física, da metafisica, da biologia, da antropologia filosófica e da política. No que diz respeito à teologia, Alfarabi trata da questão da natureza divina e da sua relação com as criaturas. Trata da formação do mundo através do processo de emanação, um conceito que advém de Plotino.
Alfarabi conhecia a obra de Plotino (se bem que tivesse sido confundida com a de Aristóteles) através da chamada Teologia de Aristóteles, e aplicou-a à astronomia de Ptolomeu. Assim, na cosmologia de Alfarabi, cada esfera celeste ou planeta, que emanam do primeiro princípio, tem o seu próprio intelecto. Por seu lado, a influência aristotélica é de notar na sua descrição do mundo sublunar, com a ênfase na matéria e na forma, e na relação entre as duas, bem como na distinção entre as quatro causas: formal, final, material e eficiente. Alfarabi trata também dos quatro elementos, enquanto constituindo todos os seres sublunares.
Naturalmente, Alfarabi realça o ser humano, que estabelece uma ponte, devido à sua natureza racional, entre o mundo sublunar, que é feito de matéria e dos quatro elementos, e o mundo supralunar, das esferas celestes. Alfarabi escreve sobre as várias faculdades da alma, que considera o princípio da vida, tal como o fora na filosofia grega antiga, e também sobre a parte superior da alma, o intelecto. Alfarabi descreve a imaginação e o intelecto humanos. Dedica parte da obra a explicar a profecia, e daí em diante descreve o tipo de cidade ideal, excelente ou virtuosa, e as cidades que se afastam desse ideal. Esta última parte da obra tem um carácter mais político, e indica a influência da filosofia de Platão, com o seu ideal de filósofo-rei, a par de influências islâmicas. Estas últimas são visíveis na caracterização do líder religioso também como profeta, e possuindo todas as características de um líder simultaneamente político e religioso.
